Anthropisation et transmission du paludisme dans le Cambodge rural
Auteur : Pephey, Anaïs
Sous la direction de : Benoit Witkowski
Université de Montpellier
Texte français
Mots clés : Épidémiologie, Cambodge Paludisme, Transmission, Anthropisation, Épidémiologie, Cambodge.
Résumé
Les cas de paludisme sont globalement en baisse, y compris dans la sous-région du Grand Mékong qui vise l’élimination de la maladie pour 2030. Le Cambodge, après avoir implémenté l’usage de moustiquaires imprégnées d´insecticide sur l’intégralité du territoire, fait maintenant face à une transmission paludique résiduelle se maintenant principalement autour des frontières internationales et des forêts. Les vecteurs habitent les zones boisées et infectent les travailleurs en forêt ainsi que les populations migrantes, maintenant la transmission malgré les efforts des équipes en charge de détecter et traiter les cas de paludisme. Les rapides déforestation et croissance économique pourraient affecter la transmission, mais leurs potentielles répercussions n’ont pas ou peu été étudiées ou décrites dans la sous-région, bien que leur compréhension pourrait être nécessaire à une élimination du paludisme efficace et durable. À cette fin, ce doctorat propose d’observer et de comprendre la dynamique du paludisme au Cambodge afin de déterminer où, quand et comment se crée le contact entre les populations à risque et les vecteurs et son lien avec l’anthropisation. Le premier chapitre de cette thèse s’intéresse aux changements environnementaux et la mobilité des populations à risque dans la zone d’étude. En utilisant des images satellite à haute résolution, nous avons quantifié la déforestation d’une zone particulièrement affectée par le paludisme au nord-est du pays. Nous avons caractérisé l’évolution de la couverture forestière, la fragmentation ainsi que la diversité du paysage sur 30 ans, et rassemblé les données disponibles sur les cas de paludisme pour cette même période. Une étude transversale, une cohorte et un suivi des populations à risque dans la même zone d’étude ont permis de décrire et mieux comprendre les comportements et la mobilité associés à une infection, au travers de la mise en place de techniques fréquemment utilisées au Cambodge, comme les questionnaires, et innovantes, comme les balises GPS ou la quantification d’anticorps anti-salive d’Anophèles par ELISA. Le deuxième chapitre se dédia à la diversité, l’abondance et la prévalence des moustiques vecteurs. Trois types de pièges (collecte sur appât humain, piège à double moustiquaire et pièges à interception) et la collecte de larves le long de transects furent employés dans différents environnements suivant un gradient d’anthropisation : villages, champs, plantations d’arbres et forêts. Après identification des espèces d’Anophèles collectées, nous avons déterminé la prévalence de Plasmodium dans la population de moustiques, afin d’étudier quels facteurs environnementaux affectaient la présence de Plasmodium humains et l´abondance des vecteurs. Nous avons également comparé la précision des identifications morphologiques par rapport aux identifications moléculaires. Enfin, nous avons identifié l’origine des repas sanguins extraits des abdomens des femelles gorgées pour déterminer si certains facteurs environnements ou espèces étaient associés à un comportement anthropophagique. Le troisième et dernier chapitre de cette thèse se focalisait sur la nature de la transmission paludique elle-même. Pour caractériser la structure des populations parasitaires circulant entre les humains et les vecteurs, nous avons séquencé les échantillons de Plasmodium falciparum et Plasmodium vivax provenant des suivi GPS des travailleurs forestiers et des moustiques provenant de nos collectes en utilisant la méthode du séquençage profond d’amplicons. Les données génétiques associées à ce séquençage permettront de comprendre la génétique des populations des parasites ainsi que la nature des clones composant les infections. Globalement, ce projet se place à l’intersection de la géographie, l’épidémiologie, l’entomologie et la génomique avec l’objectif de compléter les connaissances sur la relation entre anthropisation et transmission paludique au Cambodge.
